西暦1999年、秘密結社『鉄甲龍』が活動再開した。八卦衆と呼ばれる巨大ロボットによって地球征服を企んだが、そのうちの一体ゼオライマーは、15年前に開発者である木原マサキのてによって盗み出され、密に日本に隠されていた。
鉄甲龍の主導者、幽羅帝は、ゼオライマー奪還を八卦衆に命じる。マサキの醜い計画によってゼオライマーの搭乗者として生まれた秋津マサトは、時折現れるマサキの人格に悩みつつ、自分のクローンである八卦衆との無情な戦いに翻弄されるのだった。