放浪の旅を続ける民”クトゥルフ”。その果てしなき旅の中でサー・バイオレットの中に芽生えた悪しき心がビック・ゴールドを呼び、クトゥルフは放浪の民から侵略者へと姿を変えていった。 そのクトゥルフに唯一人立ち向かう戦士”イクサー１”。彼女が真の戦士として覚醒するためにはパートナーが必要であり、そのパートナーとして”加納渚”が選ばれた。 それにより、渚の周りでは奇妙な現象が起こり始め、両親はモンスターにされてしまい、渚を襲う。その危機を間一髪で救ったイクサー１は共に戦ってほしいと言うが、渚はそれを拒んだ。 その頃、街にはクトゥルフの戦闘メカ”ディロスシータ”が降下、破壊活動を開始。 イクサー１は嫌がる渚と共に分身である”イクサーロボ”に乗り込み、ディロスを迎え撃ったが、戦いを拒む渚とシンクロ出来ずディロスのパワーに圧倒されてしまう。しかし、渚が両親を殺された怒りをディロスに向けた瞬間、圧倒的なパワーが発生し、ディロスを撃破した。 本格的に地球侵攻を開始したクトゥルフは要塞”ノヴァ”を降下させた。 今尚、戦いを拒み続ける渚を心配しながらもクトゥルフの動向が気になるイクサー１は単身ノヴァの偵察に出る。 イクサー１と別れた渚の足は自分の家へ向かい、その途中、小夜子母子に出会う。 その頃、イクサー１は二体のヴォイド�Uと戦い、これを撃破するも、新たな強敵、自ら妹と名乗る”イクサー２”が現れ、その圧倒的なパワーの前に追い詰められていった。 一方、渚は小夜子の母親に寄生したモンスターによって、危機に瀕していた。小夜子を守りたいという渚の願いがイクサーロボを異空間より呼び寄せた。 イクサーロボの出現を知ったイクサー２はイクサー�狽ﾅ決着をつけると言って去る。 イクサーロボの前に立ちはだかるイクサー�煤Bその圧倒的なパワーの前にイクサーロボは右腕を失ってしまう。しかし、小夜子を踏み潰す行為を目の当りにした渚の怒りがイクサーロボにパワーを与え、イクサー�狽ﾍイクサーロボの放ったビームにより胸部を打ち抜かれ、倒れた。 メカ戦の敗北はあくまでパートナーとしてセピアより渚の方が勝っていたとするイクサー２は”レッダス””ブルーバ”を引き連れ、渚を連れ去っていく。 異空間内で繰り広げられるレッダスとの戦闘。しかし、度重なる戦いで傷ついたイクサー１はそのパワーに圧倒されていた。 渚の身を案じるイクサー１は辛くもレッダスを倒した。そこに渚の叫びに呼応したイクサーロボが出現し、イクサー１をコックピットに収容すると、ノヴァに向けて飛び立った。全エネルギーを使いきり、倒れるイクサーロボに感謝し、イクサー１は渚を求めて要塞億深くへと進んでいく。 イクサー１の前に現われる渚。しかし洗脳され、イクサー１を襲う。躊躇するイクサー１であったが、渚の叫びが迷いを振り切り、放ったビームが渚を貫いた。 悲しみに肩を落とすイクサー１であったが、渚と一つになる事で真のシンクロを果たす。 動揺しながらも宿命のために戦いを挑むイクサー２。しかたなしに戦いを受けたイクサー１の瞳は悲しげな色を帯びていた。 イクサー２を倒したイクサー１はビック・ゴールドの元へ。繰り広げられるビック・ゴールドと戦い。その戦いはノヴァを…そして、クトゥルフの宇宙船にあるビック・ゴールドの本体であるコンピュータを破壊で、終止符が打たれた。 いつもと変わらない朝。寝坊した渚が慌しく学校へと出かけていく。公園の中を通りかかった時、不思議な格好をした少女が木陰から渚を見つめ微笑んでいた。渚は照れ笑いを浮かべ、逃げるように駆け出していった。 イクサー１は渚の後ろ姿を振る切る様に別れを告げ、宇宙への果てしない旅路に向かって飛び去っていく。