東雲高校の地下に、謎の遺跡が発見された。そんな中、水原誠は遺跡の中から現れた、謎の美少女と出会う。彼女は誠を一万年もの間待ち続けたと言うのだ。そして、誠、藤原先生、菜々美、陣内をエルハザードと呼ばれる世界へ飛ばす。誠たちの落ちたロシュタリア王国では、敵対するバグロム帝国の脅威にさらされていた。敵を討ち砕くには伝説の最終兵器"神の目"の力を借りなくてはならない。元の世界に帰るには協力しかないと悟った誠たちは三人の大神官のもとへと旅立つ。