全ての始まりは、１９８７年９月、日本某所で起こった怪事件であった。それから十余年の歳月をかけ未知なる脅威に対抗するべく火島博士、与那嶺博士を中心とした開発チームが発足、双神島に研究所を建設。地球製弾劾凰の開発に着手した。数年後、どうにか素体と呼べるモノ(機体)が完成した。だが、この段階で生産性と効率を優先した無人機の量産を主張する火島と、暴走の危険性を抑えるべく有人機の生産を主張する与那嶺との対立が起こる。長い激論の末、火島案は危険性が高いことを理由に退けられ、有人機の生産が決定された。そして、火島は研究所を追放された。 そして数年後、見事に弾劾凰試作機が完成。だが結果は無残なものだった。機体が暴走し、パイロットもろとも爆発した。この事件でスタッフの大半が死傷、開発は暗礁に乗り上げた。 だが、開発を止めるわけには行かない。弾劾凰には人類の未来がかかっているのだから。その危機を救ったのは与那嶺の努力であった。新たなスポンサーを集め、新たな科学者を招集し、極秘裏に要塞基地を再建。開発を再開させたのである。 美也の提案を中心にプランの再検討を重ねた結果。 総合能力の抑制。分離合体システムを採用。機能分担によってパイロットの負担を軽くする。戦闘能力の低下は三体のコンビネーションと追加武装によって補う。環境適応能力の高い十代の少年少女を選抜、徹底した訓練と教育を行う。パイロットのメンタル・肉体のケアをこれまで以上に徹底する。 以上の要点を踏まえた上での再改造が決定。かくて三年の時は流れ、 弾劾凰F完成、選抜パイロット・海潮真波 弾劾凰X完成、選抜パイロット・地堂仁美 弾劾凰B完成、選抜パイロット・天城空也 ３名の弾劾凰チームを中心とした新生弾劾凰が誕生、初の実戦に投入され、見事勝利を収めるのである。 だが、これで弾劾計画が終了したわけではない。計画はむしろスタートしたばかりである。 未知なる驚異を退けるその日まで……。