Act.1 ONE DAY
演出	阿部雅司
絵コンテ	阿部雅司
脚本	長谷川勝己
作画監督	橋本敬史 阿部邦博 木崎文智 渡辺浩二
”現在の医療技術では、治療は不可能” 死の宣告に似た事を言われた海堂祐司は未来に希望を託し、冷凍睡眠（スリーパー）となった。 それから十数年…… 静まり返った研究施設内に祐司の入ったカプセルを運ぶ数人の兵士の姿があった。警戒行動のように辺りを注意しながら、走るその足が止まる。眼前の数メートル先に異形の怪物が現れ、襲いかかってきた。 その怪物は目覚めた祐司の眼前で、人を団子状に固めていく。恐怖にかられた祐司は建物内を逃げまどった。しかし、何処にも逃げる場所などなく、ただあるのは自分と共にスリーパーとなった者たちの躯のみ。発狂寸前に陥る祐司の前に、新たな怪物が現れる。為すすべもなく、ただ殺られるだけだ。その時、巨大な人型ロボットが祐司を救う。 ロボットに乗った女性は言う「私の名はマリーン。人間だ。……死にたくなければ、私の命令に従え」と。 何事もなく、出口付近まで来られた二人。その二人を待ちかまえていたように怪物が襲ってきた。助けに入ろうとするが、為すすべのない祐司。そこに、新たなロボットが！　圧倒的なパワーで怪物をしとめていく。 マリーンに促されるまま、建物外に出た祐司が見たモノは無数に転がる怪物の死骸であった。 わけもわからぬまま、連れ出された祐司。誰というでもなく、「ここは何処なんだ？　あの怪物は何なんだ？」と問う。その問いに、傍らにいたマリーンが答える。「奴らはBLUE。我々、人類の敵だ」と。
Next Factor いきなり叩き起こされて、突然死にそうな目にあって、お前らは何者だ！ 世の中どうなっちまったんだ！ 俺をどうするつもりだ！ こんな事になるなら、こんな所で生きてくぐらいなら、俺は……俺は……

Act.2 CRY
演出	松村やすひろ
絵コンテ	中川聡 松村やすひろ
脚本	長谷川勝己
作画監督	飯野利明
マリーン達が一夜を過ごす為に立ち寄った街。その街は祐司の知る街とは違った。人の気配も生活感もない、まさに死んだ街、ゴーストタウンだった。元は祐司の知る普通の街だったかもしれない。しかし、今は見ず知らずのただ、祐司を怯えさせるだけの街でしかなかった。そんな街で、なぜ自分は助け出されたのか、あの怪物、BLUEとは何なのかを聞かされる。 衛星軌道上にある”セカンド･アース”へ帰る為にマリーン達は海洋上のスペースポートへときていた。そこで、祐司は自分以外に救出されたスリーパー達を見、駆け寄っていく。そこに、本来ならこれるはずのない海中からBLUEが出現！　一瞬にして、辺りはパニック状態に陥ってしまう。 祐司はなんとかして、他のスリーパー達を助けようとするが、ここではどうすることも出来ない。それどころか自分の身すらも危ない状況であった。 辛くもその場を脱出したマリーン達だったが、その代償はあまりにも大きかった。７人いた部隊も４人が死亡、１人が重傷という有様であった。そんな中、「死んだ方がマシだ！」と言っていた祐司の中で、何かが変わっていた。
Next Factor 嫌なんだよ！ 何もできないまま、あんな虫みたいのに殺されるなんて。 俺はお荷物なんかじゃない。もう助けてくれなんて、甘えたくない。 ……だから、俺は戦う。……だから、俺に生きる術を教えてくれ！

Act.3 TRIAL
演出	北川亮太
絵コンテ	南　康宏
脚本	楠竹寿美男
作画監督	阿部和彦
先の戦闘で部隊の半数を失い、日本における回収を断念するしかなくなったマリーン達は、海を渡り、韓国の回収部隊と合流することに。そんな中、祐司は生きる術、戦う術を教えてくれという。現状の兵員では回収部隊と合流はおろか、生き残るのも難しい。そのため、マリーンもしぶしぶながらも、祐司に戦う術を教える。 韓国へと渡る貨物船を見つけ、あとは乗り込むだけという瞬間、BLUEの襲撃が！　初めての出撃でいきり立つ祐司。それが裏目に出てしまう。生きたいという思いだけで何とか一撃を与えるものの、死に直面する祐司。その時、他のBLUEを倒したマリーンが駆けつけ、一命を取り留めるのだった。
Next Factor 海堂祐司、お前に一つだけ忠告しておく。 生きてここから脱出したいなら、よけいな事をするな。 我々の作戦に、地上に残された人間の生死は関係ない。 ……そう、ここにいる人間は全て死んだモノと思うんだ。

Act.4 AGONY
演出	又野弘道
絵コンテ	鈴木二郎
脚本	高橋義昌
作画監督	島崎克実
韓国の回収部隊と合流するために、韓国へと来たマリーン達。しかし、回収部隊はBLUEによって壊滅させられていた。次の手を考えるにも、安全な場所を確保しなければならない。そのため、街を彷徨っている途中、祐司はBLUEに襲われる少女を見つける。助けようと言うも、マリーン達は意に介せずという風に無視をする。業を煮やした祐司は単身、少女を助けに行き、危険にさらされながらも何とかBLUEを倒す祐司。だが、その行為が他のBLUEを活性化させ、街からの脱出を困難にさせた。 先ほど助けた少女の後を追い、安全な場所を確保したマリーン達。そこで、祐司は少女以外にも生きている人を見つけ喜び勇む。しかし、彼らの自分を蔑むような目と、マリーン達”セカンド・アース”が地上に残る者に何をしたかを知り、意気消沈する。 そんな祐司の元にあの助けた少女・ユンがやってくる。ユンとの一時の中で、「この子を守ってやりたい」と思う祐司。そのためには”セカンド・アース”と連絡を取り、救助隊を呼ばなければ……。その思いでマリーン達と共に衛星回線タワーへと赴く。しかしそこで見たモノは……!?
Next Factor 日曜日って何？ それって、楽しいの？ お父さんとお母さんとまた一緒に遊べるのかな？ ユンも、お兄ちゃんみたいにずっと眠ってられたら良かったのに。 だって、眠ってたら、BLUEなんて怖くないでしょ。 ユーーーーーーーーン!!!!

Act.5 PRIORITY
演出	佐藤英一
絵コンテ	佐藤英一
脚本	高橋義昌
作画監督	古田誠
衛星回線タワーで見たモノ……それは、自らの弱点を克服した新型BLUEの幼体であった。衛星回線を使い、”セカンド･アース”と何とか連絡が取れたマリーン。連絡では、残存部隊がロシアのバイコヌール基地に集結しているとの事。だが、予備電源を破壊されたためそれ以上の連絡は無理であり、祐司の望む救助隊も来わしない。 身の危険を感じたマリーン達は”アーマー･シュライク”でその場を去ろうとする。しかし、運悪くBLUEに見つかり、戦闘を余儀なくされてしまった。そしてその中には武装強化してコアを保護した新型のBLUEが！ 辛くもBLUEを撃退したマリーン達。しかし、その代償は高く、２機の”アーマー･シュライク”とジョーイを失ってしまう。 生き残る最後の道はBLUEを殲滅するしかない！ その為に住民を囮に……祐司は反対するも、現状ではそれ以外に自分達が住民が生き残る術はなかった。 襲い来るBLUE。応戦するもたった三人では……BLUEに襲われる人々。そして……「この俺が守ってやる」と言った少女、ユンも祐司の目の前で…… 残された手は爆弾で消去するしかない。ロバートはマリーン、祐司の二人を救うためにBLUEを道連れに起爆スイッチを押す。
Next Factor ジョーイ…ロバート…ユン…… 今も繰り返し見る夢に俺は苦しめられる…けど、それはあいつも同じだったんだ。 忌まわしい過去に閉ざされた心、逃げたくても逃げられない現実。 ……それでもまだ、俺達は生きている。

Act.6 RELATION
演出	下司泰弘
絵コンテ	西本由紀夫
脚本	長谷川勝己
作画監督	木崎文智
マリーンと祐司はBLUEの襲撃を避けるため、大自然の中をモスクワのバイコヌールへと向かう。そんな中、祐司はマリーンを避けるような態度をとる。全てはソウルでのあの一件から…… 祐司もわかってはいたが、マリーンのように割り切れない。しかし、生きるという意味を再度、考えさせられた時、祐司の中で何かが変わった。 祐司は言う「ここで生きるという事がどういう事なのかはわからない。でも、俺は生きている。だから、自分の思ったままにやる」と。その言葉になぜかマリーンは微笑む。 そんな祐司が見たもの、それは荘厳なまでの美しさを秘めた夕日。しかし、それはマリーンにとって忌まわしい記憶を思い浮かばせる物でしかなかった。そこで祐司は知った。マリーンの過去を……人類の愚かな行為を…… しかし、それでも祐司は”セカンド･アース”へ行こうと言う、……‘生きて’。 その言葉が、マリーンの何かを変えていた。
Next Factor 貴様!?　こんな砂漠に、一人で何をしている。 所属と階級を言え。 貴様も軍人なら命令違反が何を意味するか、わかっているはずだ。 止せマリーン！　この人は俺達を助けてくれた恩人だぞ！

Act.7 SYMPATH
演出	中川聡
絵コンテ	小林孝志
脚本	山田光洋
作画監督	坂下英男
果てしなく広がる砂漠。そんな中で見つけたオアシス。そして、つかの間の平穏。しかし、そこはBLUEの住処だった。窮地に陥る祐司達。それをダイスと名乗る男が救う。マリーンはダイスに移動手段、安全な航路を教えるように命令する。しかし、ダイスは「まだ、やることがある」と無視する。 夜が明け、目を覚ました祐司はマリーンのいない事に気づく。マリーンはあのBLUEの住処に、移動手段を手に入れに行っていた。 移動手段として使えるバギーを見つけたマリーン。だが、そこにあのBLUEが！ 窮地に陥るマリーン。そんな時、祐司が……そして、”アーマー･シュライク”を駆るダイスが駆けつける。三人が協力し合い、なんとかBLUEを倒す。 やるべき事を終えたダイスは祐司らと共に、バイコヌールに向かう。 誰にというわけでもなく、“あばよ”という一言を残して……。
Next Factor 私の任務は、サンプルをバイコヌールまで運ぶ事。 そのサンプルがはぐれてしまい、任務に支障をきたしてしまった。 だから、心配なだけだ。他に大事な物なんてあるものか…… 今の私にとって、任務以上の事などない……あるはずなど……

Act.8 OASIS
演出	阿宮正和
絵コンテ	牧野行洋
脚本	山田靖智
作画監督	安徳正則
バイコヌールに急ぐあまり、砂嵐の中を強行するマリーン達。その為に祐司を見失ってしまう。口では”命令で祐司を”と言ってはいるものの、心では祐司の事を心配しているマリーン。 その頃、マリーン達とはぐれた祐司は遊牧民の女性、エリナに助けられていた。マリーンとは違う女性、エリナに心惹かれて行く祐司。 そんな時、兵隊崩れの一団に遊牧民達が襲われてしまう。祐司の活躍で撃退出来たものの、遊牧民達の祐司を見る目が変わっていた。今までとは違う、先ほどの兵隊達を見る目に……。 父親に祐司に会う事をとがめられるも、エリナは祐司の元へ…… 祐司が心惹かれたように、エリナも祐司に心惹かれていた。月明かりの元、二人は唇を…肌を重ねる。
Next Factor 俺、バイコヌールには行かないよ。 本気なのか、祐司。 どうせ、マリーンは任務の為でしかないんだろ！ こうなったら、力ずくでも従ってもらう。 祐司を撃つつもりならば、そうすればいいわ。……この私ごと……

Act.9 CONFIRM
演出	山田靖智
絵コンテ	松村やすひろ
脚本	松村やすひろ
作画監督	下坂英男
無事、マリーン達と再会した祐司。しかし、祐司はバイコヌールには行かず、ここで生きると言い出す。力ずくでも連れていこうとするマリーン。……しかし、無理矢理連れていくことは出来なかった。 祐司と別れ、バイコヌールへ向かう準備をするマリーン達。そこにBLUEが！ その戦闘に祐司も気づく。揺れ動く祐司。エリナへの思いは偽りではない。しかし、それ以上に祐司の心の中に大きく存在する女性が…… その女性の元へとエリナの制止を振り切り赴く祐司。 その頃、マリーン達は絶対絶命の危機に陥っていた。そこに”アーマー･シュライク”を駆った祐司が！ 祐司の手助けもあり、BLUEを倒すマリーン達。 そして、バイコヌールへ。 そこが、この旅の終着地点であり、そして……始まりの場所である。
Next Factor 陽動作戦!? いくらシャトルを発射させる為だからって、そんなの無茶だ！ 敵はBLUEだけじゃないんだぞ!! だが、それが私の任務だ。 祐司……私は何があっても、お前を宇宙に連れていく……そう、何があっても…… マリーン、死ぬな……絶対に死ぬなよ！　マリーン!!

Act.10 TACTICS
演出	又野弘道
絵コンテ	又野弘道
脚本	植竹須美男
作画監督	島崎克実
やっとの思いでやってきたバイコヌール。しかし、そこは何者をも近づけぬ無人の要塞と化していた。全ては基地を守る”オート･マトン”のバグによって……。 だが、”セカンド･アース”へ帰還するにはここのシャトルを使う以外に道はない。そのため、マリーン達はバイコヌールへと集結した残存部隊と共に作戦を展開。その作戦とは……残存する四機の”アーマー･シュライク”でBLUEの巣を襲撃。そのまま、オート･マトン”アタッカー”の攻撃範囲内に入り、全ての目を自分達に向ける。そのスキに別動部隊がプログラムの修正を行うというものだった。 作戦は実行され、マリーン達が危機に陥るも作戦は成功した。しかし、つかの間の安堵に浸る暇もなく、部隊の一人がシャトルを発射させようとしていた……。
Next Factor クッ！　こんな時に……クソー!! 待て！　何処へ行く!! マリーンを助けに行く！ 勝手な行動は許さないと言ったはずだっ!　これは命令だっ!!　すぐに戻れ!!! そんなもの知るかよっ!!　俺がなんの為に旅を続けてきたと思ってるんだっ!!　一人で宇宙に行ったって意味なんかない。……約束したんだ、一緒に行くってっ！……俺は……マリーンとっ!!!!

Act.11 GO MAD
演出	菊池康仁
絵コンテ	橋本敬史 阿部雅司 小林孝史
脚本	植竹須美男
作画監督	阿部邦博 柿田英樹 金紀杜
部隊の一人、ハンはスリーパーである女性を愛するあまり、独断でシャトルを発射させようとする。しかし、後一歩という所で電力供給不足の為、シャトルの発射は出来なくなってしまった。 その原因を探るべく、地下へとおりていく祐司達。そして、そこで見た物は……電力を自らの生活エネルギーとしている新種のBLUEだった。 辛くもBLUEを倒すものの、電力供給はままならない。部隊隊長はマリーン達を時間稼ぎの囮としようとする。それに反発する祐司は”サポーター”を使いマリーンを救いに行く。 そして……宇宙へと飛び立つ祐司とマリーン。お互いにお互いを必要としている事に気づく二人。だが、それも水泡のように消えるのか…… シャトルに乗り込んでいたBLUEによって、祐司は……!?
Next Factor 任務の失敗!? 祐司を戦闘に参加させたのは私だ。結果、私の落ち度で負傷させてしまったのは事実だ。だが、私は決して間違ってなどいない。 私と祐司は共に戦い、共に助け合って、あの地獄の中から脱出したんだ。 それなのに……祐司!!!!

Act.12 PROGRESS
演出	福本潔
絵コンテ	福本潔
脚本	長谷川勝己
作画監督	丸英男
”セカンド･アース”。医療ステーション。 マリーンを庇って負傷した祐司が、医務室へと運ばれる。その祐司の事が気がかりではあるものの、マリーンは最高議会の質議を受ける。そして、そこでマリーンは”部隊任務不適合”の判決を下され、再度、訓練を受ける事なる。 自分のしてきた事、祐司の事、その証明の為にマリーンは訓練において自分の戦士としての能力を見せつけようとする。 ……地上人、負傷兵を見捨てる事……昔のマリーンには出来たかもしれない。だが、今のマリーンには出来なかった。それは、”セカンド･アース”の兵に求められるものであり、そのため、戦士としての能力を証明する事はままならなくなっていた。 訓練で負傷したマリーンは医療ステーションへ。そこでマリーンはどうしても祐司の事が気になり医務室へ向かう。しかし、そこに祐司の姿は無かった……
Next Factor 私の知らない所で、何かが動き始めている。 任務が終われば関係の無い事!?　そんな事はわかっている。 だが、このままでいる事なんて私には出来ない。 祐司と旅をし、祐司とここまで辿り着いた。 そして今、私は祐司が何処にいるのか知りたい。……ただそれだけを!!

Act.13 HERESY
演出	久城りおん
絵コンテ	岡嶋国敏
脚本	高橋義昌
作画監督	下坂英男
再訓練……それは、再教育であり、今のマリーンには耐え難きものであった。ただ祐司に会いたい。その思いがマリーンを突き動かす。行方のわからぬ祐司を探す手がかり……軍事ステーション、科学セクション指揮官、セノ･ミヤギ。ミヤギに会う以外に道のないマリーンは強行手段をとる。なんとかミヤギに会い、そして、祐司の居所突き止めるマリーン。しかし、そこにいた祐司は……!?
Next Factor 俺の力で地球を救える？ いいだろう。……この体、いくらでも貸してやる。 ……ただし、俺のパートナーはマリーンだけだ。 ……祐司…… それが唯一の条件だ！ 新しいチームの連中にもそれをわからせてやる。 でも、この戦い方は……まさか、こいつもスリーパーなのか!?

Act.14 SET
演出	石踊宏
絵コンテ	石踊宏
脚本	長谷川勝己
作画監督	森下博光 海人乃蒔潟
やっとの思いで祐司と再会したマリーン。だが、そこにいた祐司は虚ろな目を……。そんな祐司をマリーンの心の叫びが覚醒させる。 そんな二人を引き裂くかのように、最高委員会がマリーンを問いつめる。 なぜ、このような事をしたのか、なぜ、そこまでサンプルである海堂祐司にこだわるのかを……。 そんな中、マリーンは、そして祐司はなぜスリーパー回収が最重要事項になったのかを知る。 そして祐司は自ら戦いへと身を投じる事を承諾した。ただ一つ、マリーンをパートナーとする事を条件として……。 そのマリーンを認めるか否かを決める戦闘訓練が開始された。 対戦相手を後一歩という所まで追いつめるマリーンと祐司。しかし、相手の意表を突いた戦い方の前に負けてしまう。 様々な人の思惑が渦巻く中、祐司の新たな戦いが始まる。
Next Factor あれは確かに祐司だった。……でも、どうしてアリシアなんかと…… まいったな。アリシアにそそのかされてこんな所まで来たけど…… ココの連中、やばすぎるよな。 祐司！ マリーン!!　どうして、こんな所に!? それより祐司、あれは……!? そうか……アリシアの言っていたのは、この事だったのか！

Act.15 CALM
演出	中西伸彰
絵コンテ	中西伸彰
脚本	山田光洋
作画監督	安徳正則 鷺北恭太（メカ）
アリシアに連れられ、薄暗い通路を行く祐司。「何処に行くのか？」と訊いても「良い所」としか、アリシアは応えない。その上、時間を気にして急ぐあまり、道に迷ってしまう。挙げ句には進入禁止区域に進入してしまい、はぐれてしまった。 アリシアに連れられる祐司を見たマリーンは二人の事が気になり、二人が入っていった通路に……。そこで、不審な行動をするトニーを見つける。問いつめると、「ここで生きて行くには情報が少なすぎる」からと……。そして、ほとんどのデータが機密になっていると。その一つにアクセスしたために警報が鳴り響く！　咄嗟にマリーンは部屋を抜け出し、薄暗い通路へと逃げって行った。 アリシアとはぐれ、通路を彷徨う祐司は偶然にもマリーンと出会った。やましい事は何もないのに、なぜか気まずい感じの二人。そんな時、祐司が何かを見つけ、行ってみるとそこはステーションの最外層で、眼下には地球が……。そして、その地球に太陽光が当たり、美しいまでに光輝く地球。アリシアが祐司と見たかったもの……それがこの光輝く地球であった。
Next Factor これが、トニーの実力なのか！ まさか、たった一人でネストを潰してしまうなんて…… 俺だって負けちゃいられない！　同じ訓練を受けて、同じ新型に乗っているんだ！　やれるはずさ!! そう、このダブルエッジの戦闘力なら、どんなBLUEが来たって…… 俺も同じスリーパーなんだ！

Act.16 A SIGN
演出	又野弘道
絵コンテ	又野弘道
脚本	植竹須美男
作画監督	島崎克実 阿部邦博（メカ）
BLUE掃討作戦が開始された。しかし、予想をはるかに上回るBLUEの数に苦戦を強いられる。そんな中、トニーは新型アーマー･シュライク、”ダブル･エッジ”の性能を引き出し、たった一人でBLUEの巣を破壊するのだった。 そんなトニーに触発されたのか又は対抗意識からか、祐司は自分にも出来るという事を証明するかのように無謀な戦闘に出る。そんな戦闘の中、祐司は普段では考えられない凶暴性を見せる。それはあのトニーも垣間見せたもの…… だが、そんな祐司も一瞬のスキをつかれ、窮地に陥る。それを救ったのはトニーだった。 作戦は成功。当初の目的通り、BLUEの巨大な巣は破壊された。しかし、祐司にとって、この戦闘はトニーとの差を見せつけられるものであり、そして、自らの手で地球を救うという思いを固める貴重な戦闘でもあった。
Next Factor まさか……こんな所に、子供達がいるなんて…… 祐司、今はBLUEよりも…… うるさい！　マリーン、今は作戦中なんだぞ！　どけっ!! やめろ！　やめろっ!!　祐司!!! 邪魔をするなっ！ 祐司っ!!!!!

Act.17 ECLOSION
演出	山田靖智
絵コンテ	中川聡
脚本	中川聡
作画監督	飯野利明
陽動作戦……”セカンド･アース”への帰路の途中にBLUEの巣が存在した。これを迂回していては予定時刻に間に合わない。そこで隊を二手に分け、一部隊が囮となりもう一部隊が巣を破壊するという、祐司が提案したものだった。 それは、同じ”スリーパー”であるトニーに負けたくない思いからなのかもしれない。 囮となり、陽動をかける祐司とマリーン。そんな二人の前に子供が…… 以前のマリーンなら気にもしないはずだが、今のマリーンは祐司との関わりの中で変わり、子供達に優しく接して行く。しかし、祐司は…… 作戦は無事終了。しかし、以前とは違う祐司に違和感を持つマリーン。 今の祐司には、あの心優しい頃の面影は無く、ただ戦う事を…BLUEを倒す事を追求し、それを喜びと感じている姿しかなかった。
Next Factor えーっ、まだやるの、祐司…… ようやく、追いついたんだ。俺だけ、置いて行かれてたまるかよ！ データ用のサンプル……欠かせぬ戦友……既に環境は変わってしまった…… あの男は、どうするつもりで私を……それと…… あっ!?　待ってくれ！　祐司!!

Act.18 CHAOS
演出	西本由紀夫
絵コンテ	西本由紀夫
脚本	長谷川勝己
作画監督	木崎文智
BLUEとの戦闘において見せた祐司の異常性……本来の祐司からは考えられないそれが、マリーンを苦しませていた。そんな時、マリーンは自分が常に監視されている事に気づく。全ての謎を解くカギはセノ･ミヤギが持っている。そうふんだマリーンはセノ･ミヤギに接触を計り、セノの口からBLUEと祐司達の持つB細胞との繋がりを聞かされる。 そして、このまま”ダブル･エッジ”で戦闘を続ければ祐司は…… 絶対にそんな事はさせないと言うマリーン。そんなマリーンにセノは自分達の組織”アーク”に乗り、B細胞を抑制してほしいと言う。 そんな時、第２次降下作戦が発動される。”スリーパー”部隊にも召集がかかり、地球へ。 B細胞抑制の一要因であるマリーンを欠いた祐司。だが、今の祐司にはマリーンの事など頭にはない。あるのはBLUEを殲滅する事……B細胞の命ずるがままに……
Next Factor 私も地球へ行く……これ以上、祐司を”ダブル･エッジ”に乗せるわけにはいかないんだ！ しかし、現体制が維持される限り、本当に海堂祐司を救う事にはならない。 でも……だったら、私はどうしたら…… 方法は一つ！　……これより、”アーク”は行動を起こす!!

Act.19 COLLAPSE
演出	石踊宏
絵コンテ	石踊宏
脚本	長谷川勝己
作画監督	森下博光
第２次降下作戦で地球へと降下していく祐司。それを追って降下しようとするマリーンだったが、「現体制では祐司を救う事はムリ」とのセノ･ミヤギの言葉から、最高議会占拠のクーデターに荷担する。 地球に降下した祐司達は大規模な作戦に参加していた。しかし、アリシアだけは作戦よりも祐司に対してポイントを稼ぐことしか考えていなかった。だが、そこでアリシアは目の当たりにしてしまう。祐司の異常なまでの戦闘能力……自分に向けられた銃口……初めてあった頃からは考えられない凶悪さを……。 その頃、”セカンド･アース”で起こったクーデターは最高議会の身柄を確保する事は出来なかったが、一応の成功を納めた。 祐司の事が気がかりなマリーンはすぐさま地球へと降下していく。 そして、降下したマリーンは更にBLUE化が進んだ、異常なまでの凶悪さを漂わせる祐司と再会するのだった……。
Next Factor もういいんだ、祐司。もういいんだ。……お前は戦うマシンじゃない。 俺に構うな!!　殺してやる、BLUEも何もかも！ どうしたら、戻ってくれるんだ、……元のお前に…… 俺……何処までいけばいいんだろ……ジョーイ……ユン……タカシーッ!!!

Act.20 VERSUS
演出	松村やすひろ
絵コンテ	松村やすひろ
脚本	高橋義昌
作画監督	下坂英男 久城りおん（メカ） 阿部邦博（メカ）
Ｂ細胞活性化による祐司のBLUE化はマリーンの予想を超えてかなり進んでいた。何とか止めようとするマリーン。しかし、Ｂ細胞が活性化により正常な判断の出来なくなっているした祐司により、あえなく撃破されてしまう。 その頃、巣の封鎖に失敗した他の部隊は”セカンド･アース”からの援軍も無く、迫り来るBLUEの大群に壊滅状態にされてしまう。 作戦を逸脱して、一人BLUE殲滅を進める祐司。その眼前に”ダブル･エッジ”と同型機に乗ったマリーンが！　有無を言わせずに戦闘に入る二人。以前ならば祐司に勝てたかもしれない。しかし、今の祐司はＢ細胞の活性化とBLUEとの度重なる戦闘によって驚異的な戦闘力を付けていた。 だが、この戦闘はマリーンが制する事に。マリーンの祐司に対する思いが、祐司をＢ細胞の呪縛から解き放ち、祐司を……マリーンの知る祐司を取り戻させたのである。
Next Factor みんなを助けたかったんだ。……本当に、それだけだったのに……どうして、俺…… おまえはよくやった。祐司が悪いんじゃない。……今は何も考えるな。大丈夫、もうすぐ帰れる、”セカンド･アース”に…… でも、そうじゃないんだ！ ……何だって、トニーがっ!!

Act.21 JOKER
演出	中西伸彰
絵コンテ	中西伸彰
脚本	長谷川勝己
作画監督	安徳正則 大貫健一
第二次降下作戦……それは完全なる人類の敗北の作戦であった。”セカンド･アース”でのセノ･ミヤギ達”アーク”の反乱による補給・増援の寸断もあったが、なにより、頼りの”スリーパー”達の作戦無視が大きな要因であった。 医療ステーションに逃げ延び、立て籠もる最高議会はセノ･ミヤギと交渉を始める。軍事ステーションを奪われ、頼みの綱である”スリーパー”も居ない。それでも強気に出るビクター総帥。それは医療ステーションに眠る３０億の命を盾とする最後の切り札があったからである。と、その時、帰還兵リストに無かった為に死んだと思われていたトニーから通信が！ ”スリーパー”に盲信するビクターは自分の正当性を……”セカンド･アース”の全権を取り戻す為にトニーを迎え入れる。しかし、それが悪夢の始まりであった。 着艦したシャトルのコンテナからは大量のBLUEが出現、医療ステーションは地獄へと変わっていった。 そして、トニーは宣戦を布告する。医療ステーションを軍事ステーションにぶつけるという行為をもって……。
Next Factor 味方ですって！　あんただって、あのバケモノの仲間でしょう!! 思い出すんだ……取り戻すんだよ！ 奴の意識は、もはや、BLUEと変わらない 待てっ！　心配ない！ 撃つんだっ！　マリーンッ!!! 話しかけないで！ 来たぞ、奴らが！ 急いで、ルーっ!!! だが……もし、奴を止められなかった時は……わかるな、祐司 さあ、最後の審判の時だ！

Act.22 DOGMA
演出	又野弘道
絵コンテ	又野弘道
脚本	山田光洋
作画監督	島崎克実
Ｂ細胞の暴走により狂気に走るトニー。それを止める為に祐司とマリーンは医療ステーションへと潜入する。そこで、先に潜入していたニック達と合流。二手に分かれ、祐司・マリーン・ニックの三人はトニーを止めに、残りは居住区に眠る人々の救出に向かう。 しかし、トニーの居る中央コンピュータへは困難を極め、一時、待避する事に……その待避した場所で、行方のしれなかったアリシアに再会した。 だが、再会したアリシアはＢ細胞の活性化により以前とは全く違う雰囲気を…… 祐司は自分がそうであったように、一抹の希望に賭けてアリシアを元に戻そうと試みる。 しかし、それはアリシアの思いを汲む事でしかなしえない。それは……祐司への愛……マリーンへの憎悪……それが満たされぬアリシアのＢ細胞が暴走！　それに呼応するかのようにBLUEが襲ってくる。 BLUEとの戦闘で負傷したリックは現状打開のためにアリシアを撃てとマリーンに言う。 アリシアへと向けられる銃口。しかし、マリーンには撃てなかった。躊躇している間に祐司に対してナイフを振りかざすアリシア。 とその時、一発の銃声が！　力無く、祐司の腕へとアリシアは崩れ落ちるのだった。
Next Factor 誰も知らない時代に目覚めさせられ、突然、地獄のような戦いの中に放り出されて、こんな世界に何の未練がある。 腐った人間など、みんな死んでしまえば良いんだ！ 私たち、目覚めるのがちょっと早かったんだよ。あたしが一緒に居てあげるから……。 そんな……そんな事ってあるかよ!!

Act.23 SOLISTE
演出	下司泰弘
絵コンテ	大畑晃一 佐藤英一
脚本	山田光洋
作画監督	渡辺浩二 木崎文智 笹島啓一
リックの撃った弾丸により倒れたアリシア。なんとか一命を取り留めたが、危険な状態であった。BLUEとの戦闘で負傷したリックはアリシアを連れて先にシャトルへと向かい、祐司とマリーンの二人でトニーの暴走をくい止めに中央コンピュータへと向う。 その頃、スウとルウ達は居住区を切り離し、一人でも多くの人を救おうとしていた。 オートマトンにより行く手を阻まれた祐司達はジェネレーターを停止、少しでもトニーの妨害をしようとするが、効果は無く、医療ステーションは軍事ステーションへと進行を開始する。 中央コンピュータでトニーと対峙する祐司。なんとかしてトニーを止めようとするが、トニーのＢ細胞はもはや手の施しようがないほどに活性化されていた。 そして、トニーは語る、なぜ、BLUEが生まれたのか……なぜ、自分たちにBLUEと同じＢ細胞があるのか……BLUEを、Ｂ細胞を生んだ大いなる意志とはなんなのか…… だが、それを聞いても祐司はトニーと対峙する。「生きようとする命を奪う事は誰であれ許されない」と。 激しい戦闘の末、祐司はトニーを倒すという事で暴走をくい止める。しかし、トニーは死んではいなかった。なおＢ細胞の命じるまま、動こうとするトニー。そこに瀕死のアリシアが。 アリシアは「目覚めるのがちょっと早かったんだ。だから、もう一度、一緒に寝よ」とトニーを抱きしめ、ステーションの爆発に飲み込まれていった。
Next Factor 俺が今まで戦ってきた意味って、なんだ？ 大勢の仲間が死んで、俺だけが生き残って……結局、俺は誰も助ける事が出来なかった。 俺は何の為に、目覚めたんだ！　トニーもアリシアも、何の為に死んだんだ！ ……このままじゃ、終われない！ 俺は……俺は、マリーンと一緒に!!

Act.24 COMPASS
演出	石踊宏
絵コンテ	石踊宏
脚本	山田光洋
作画監督	森下博光
トニーとアリシアを飲み込んで爆発した医療ステーション。それで全てが終わった。 今や”セカンド・アース”の全権を握ったセノ・ミヤギは今回の事件の真相を暴露する。BLUEがなぜ存在するようになったのか、Ｂ細胞を持つ”スリーパー”とはどういう存在なのかを。 それにより、”スリーパー”である祐司は安息場所を無くしていった。 BLUEを殲滅する為にはＢ細胞を持つ”スリーパー”の存在が無くてはならない。しかし、その”スリーパー”が人類の脅威にしかならない存在である以上、地球をBLUEから奪還する事は出来なかった。その為、セノは地球を捨て、”セカンド・アース”に引きこもる事を決める。 だが、祐司は地球へ行く事を決める。全ての真相を知る為に……そんな祐司にマリーンはついていくと言う。 今まで以上に深い繋がりを持った二人。そして、それを確かめるかのように、唇を、肌を重ね合わせていくのだった。
Next Factor 南アメリカ一帯のBLUEが、有る一点に向かって移動している。 それは、どういう事だ!? 新たな異変？ 現段階では、何の確証もない。 偵察隊は、ネスト周辺にBLUEを見てはいない。 さして、大きな影響が有るとは思えないが…… ……私は何があっても、祐司と一緒だ。 俺が行く。……俺達の生きる道は、俺達自身で見つけるんだ。

Act.25 ADAGIO
演出	又野弘道 西山明彦
絵コンテ	牧野行洋 秋山勝仁
脚本	長谷川勝己
作画監督	外崎春雄
南アメリカに居るBLUE達がある一点に集結していた。それは、”ギアナ高地”。 これは新たな異変の前兆ではないのか？　それを調査するために祐司は地球へと降下した。二度と、”セカンド・アース”に戻る気もなく…… ”ギアナ高地”に降り立った祐司達は、そびえ立つ巨大なネストを発見。しかし、不思議な事に、そのネストには何処にも出入り口が、存在しない。そればかりか、このネスト発見まで、一匹のBLUEにも遭遇していなかった。 そんな中、偶然立ち寄った村の住人から、BLUEが大挙して通った道を教えられる。 調査のため、その道をさかのぼる祐司達。そして、その終着点とおぼしき洞穴へと辿りつく。 その洞穴へと進入していく祐司達。そこで見た物は？　もはや、化石と化したBLUEの骸であった。 ”プランド・スーサイダル”……遺伝子の中に組み込まれた自滅因子。 それにより、BLUE達は徐々に死滅し始めているのではないか？　そう考えられた。 だが、祐司は感じた。……今までにない力を…… そして、それは現実の物となる。祐司達の眼前には、今までに見た事の無い、異形のBLUEが生まれていた。 終わりではなかった。終わりどころか、新たなシナリオの……人類滅亡への、新たな始まりであった。
Next Factor どうする？　祐司 そんなに俺達が邪魔なのかー！ 行こう、一緒に…… ここで別れよう、マリーン。 ……祐司!? マリーンにだけは、絶対に生きていて欲しい。 それならなおのこと、一緒に！……お前も一緒に帰ろう。……生まれてくる子供のために…… これからのマリーンとみんなと生きるために……俺は行く！

Act.26 LET ME
演出	阿部雅司
絵コンテ	阿部雅司
脚本	長谷川勝己
作画監督	阿部邦博 木崎文智 高岡淳一
新種のBLUE……それはコアの存在しないBLUEの最終形態でもあった。 多くの仲間を失いながらも何とかそのBLUEを倒した祐司。しかし、まだ全てが終わったわけではない。 地球は本当に人類を駆除しようとしているのか？　それを確かめる為に、祐司は光の中へと入っていく。地上の人々を……マリーンを……そして、生まれてくる子供達の為に…… 祐司の入った光……それは地球の意思であった。 そこで、祐司は知る。Ｂ細胞が……BLUEがなぜ生まれたのか？　地球は何をしようとしているのか？ その全てを知った祐司は、地上で待つマリーンの元に帰って行く。 この地上で生きていく事を心に決めて……